Флуоресцентне боје су неопходни и важни алати у научним истраживањима попут ћелијске биологије. Флуоресцентни филтри у боји су витална компонента у флуоресцентној микроскопији. Када сви радимо са осветљеношћу флуоресцентних боја, можемо упоредити осветљеност флуоресцентних боја према горњој методи упоређивања, па како упоређивати осветљеност општих флуоресцентних боја?
Осветљеност флуоресцентне боје може се користити за упоређивање ефеката флуоресцентног обележавања различитих флуоресцентних боја и изражава се односом између флуоресцентних сигнала негативне ћелијске групе и позитивне ћелијске групе. Међутим, флуоресцентни сигнал негативне ћелијске популације повезан је са многим факторима као што су интензитет сигнала, аутофлуоресценција, неспецифично бојење и електронски шум инструмента.
Индекс бојења флуоресцентним бојама је половина односа између разлике између просечног интензитета флуоресценције позитивне ћелијске популације и просечног интензитета флуоресценције негативне ћелијске популације и стандардне девијације интензитета флуоресценције негативне ћелијске популације. Коефицијент бојења флуоресцентним бојама повезан је само са факторима као што су клонирање и квалитет антитела, чистоћа и квалитет флуорофора, однос модификације флуоресценције, ласерска линија и њена снага, дуготрајни и пропусни филтери и циљне ћелије.
Индекс бојења флуоресцентне боје позитивно је у корелацији са осветљеношћу флуоресцентне боје, односно, што је већа осветљеност флуоресцентне боје, то је већи коефицијент бојења.